As pesquisas sobre insumos biológicos englobam desde a seleção de microrganismos até o desenvolvimento de inoculantes microbianos, passando pelas etapas de caracterização do microrganismo e desenvolvimento metodológico.

 

Além disso, também trata da produção de sementes e mudas de espécies de leguminosas arbóreas, visando ao atendimento de pesquisas, parceiros e produtores. A Embrapa Agrobiologia possui ainda o Centro de Recursos Biológicos Johanna Döbereiner (CRB-JD), além de uma ampla coleção de culturas de microrganismos, com cerca de 3,7 mil bactérias e 50 fungos micorrízicos arbusculares depositados, sendo reconhecida mundialmente por manter alta diversidade de bactérias fixadoras de nitrogênio.