A Embrapa Agrossilvipastoril é um dos quatro centros de pesquisa criados com recursos do Programa de Fortalecimento e Crescimento da Embrapa, o PAC Embrapa. Foi fundada em 7 de maio de 2009 e teve a sua sede inaugurada em 6 de julho de 2012.
 
Esta é a primeira Unidade da empresa em Mato Grosso. A escolha do município de Sinop foi feita com base em critérios técnicos, como a representatividade da região para o setor produtivo, disponibilidade de área, presença de universidades, infraestrutura da cidade e logística. Apesar da Embrapa Agrossilvipastoril estar sediada em Sinop, os trabalhos de pesquisa e de transferência de tecnologia abrangem todo o estado.
 
A construção da sede do Centro de Pesquisa começou em fevereiro de 2010. O projeto conta com uma arquitetura diferenciada, inspirada no barroco brasileiro, que busca a integração de espaços e o conforto dos usuários. 
 
O uso da madeira, sobretudo da espécie itaúba, é característica marcante da obra. A maior parte foi doada pelo Ibama e é oriunda de apreensões em desmatamentos ilegais. Com isso, foi dado um uso público ao ilícito ambiental. Como forma de compensação, para cada árvore utilizada na obra foi plantada uma muda da mesma espécie na área de preservação permanente da Unidade.
 

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