As ações de capacitação no âmbito da cooperação técnica internacional são normalmente articuladas em conjunto com a Agência Brasileira de Cooperação (ABC/MRE), contemplando três módulos básicos: um introdutório sobre o Brasil ministrado pelo MRE; uma visão geral sobre a agricultura brasileira, ministrado pelo Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (Mapa); e, por fim, o módulo técnico, ministrado pela unidade da Embrapa responsável pela área temática. Há também cursos específicos, em cooperação com agências internacionais de cooperação.