O Estatuto da Embrapa institui o Conselho Fiscal, com três membros efetivos. É um órgão da administração superior e, dentre suas competências, constam:
  1. acompanhar a execução patrimonial, financeira e orçamentária da Embrapa, com poderes para examinar livros, quaisquer outros documentos e requisitar informações; 
  2. fiscalizar, por qualquer de seus membros, os atos dos administradores e verificar o cumprimento dos seus deveres legais e estatutários;
  3. analisar, mensalmente, o balancete e demais demonstrações financeiras elaborados pela Empresa; e
  4. opinar sobre o relatório anual de administração e sobre as propostas de alteração do capital social.

Composição

Presidente:

Pedro Alves Corrêa Neto
Representante do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento

Membros Efetivos:

Jorge Seif Júnior
Representante do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento

Rogério Valsechy Karl
Representante do Ministério da Economia (Tesouro Nacional)

Suplentes:

George Honório Lima de Oliveira
Representante do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento

Márcio Cândido Alves
Representante do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento

Tiago Maranhão Barreto Pereira
Representante do Ministério da Economia (Tesouro Nacional)