Chefia-geral

- Comitê Técnico Interno (CTI)
- Comitê Assessor Externo (CAE)
- Núcleo de Tecnologia da Informação (NTI)
- Núcleo de Comunicação Organizacional (NCO)
- Núcleo de Desenvolvimento Institucional (NDI)
- Colegiado para decisões estratégicas (G7)

Chefia-adjunta de P&D

- Núcleo Temático Planapo (NT Planapo)
- Núcleo Temático ABC (NT ABC)
- Núcleo Temático Código Florestal (NT Código Florestal)
- Núcleo de Apoio à Programação (NAP)
- Comissão Interna de Biotecnologia (CiBio)
- Comitê Local de Publicação (CLP)
- Biblioteca

Chefia-adjunta de Transferência de Tecnologia

- Setor de Prospecção, Articulação e Avaliação de Tecnolgoias (SPAT)
- Setor de Implementação da Programação da Transferência de Tecnologia (SIPT)
- Comitê Local de Propriedade Intelectual (CLPI)
- Setor de Gestão do Sistema Integrado de Produção Agroecológica (SGSIPA)

Chefia-adjunta de Administração

- Setor de Gestão Orçamentária e Financeira (SOF)
- Setor de Gestão de Infraestrutura e Logística (SIL)
- Setor de Gestão de Pessoas (SGP)
- Setor de Gestão de Patrimônio e Suprimentos (SPS)
- Setor de Gestão de Campos Experimentais (SCE)