A Embrapa Soja dispõe de 22.390 metros quadrados de área construída, divididos em 34 casas de vegetação, 34 laboratórios, auditório com 3 salas de apoio, biblioteca, restaurante, garagem para veículos e  máquinas agrícolas, galpões de apoio, cozinha experimental e prédios administrativos. Além dessa estrutura, a Embrapa Soja conta com a Fazenda Maravilha, localizada no Distrito de Maravilha, a 35 km do centro de Londrina, com 121 hectares.
 
A Unidade conta com 311 empregados em seu quadro de pessoal, sendo 66 pesquisadores, a maioria com doutorado e pós-doutorado em diversas áreas do conhecimento. A Empresa conta ainda com empregados especializados, que exercem funções de apoio à pesquisa tanto no campo como em laboratórios e na área administrativa.
 
Laboratórios
 
A Embrapa Soja possui 34 laboratórios, utilizados por diferentes equipes de pesquisas para o desenvolvimento de projetos com soja, girassol e cultivares de trigo para o Paraná.
 
Campos experimentais
 
As pesquisas da Embrapa Soja são desenvolvidas em dois campos experimentais localizados em Londrina (PR). Nestes locais são implantados experimentos para avaliação de vários aspectos ligados as culturas da soja, girassol e trigo.