A Ouvidoria é subordinada ao Conselho de Administração (Consad) e vinculada administrativamente ao presidente da Embrapa, resguardada sua independência funcional no âmbito de suas atribuições, e é responsável, no âmbito de sua atuação, pelo aprimoramento das relações da Empresa com seus públicos interno e externo em suas diferentes instâncias administrativas. É responsável também pela implementação da Lei de Acesso à Informação.