A gestão ambiental trata das práticas adotadas para alcançar a sustentabilidade dos sistemas de produção. Na gestão ambiental, as atividades humanas são organizadas para que causem o menor impacto negativo possível ao ambiente, a fim de que a capacidade de suporte biológico (estrutura e funções) seja mantida. Para isso, alguns aspectos devem ser observados:

•     Conservação de solo e da água.
•     Conservação da vegetação nativa e do ciclo da água. 
•     Redução, reutilização, reciclagem ou descarte adequado de resíduos sólidos, líquidos, gasosos ou radiativos.     
•     Redução no uso de substâncias tóxicas ou em quantidades nocivas.
•     Utilização de práticas de mitigação ou eliminação de causas de mudanças climáticas.
•    Atenuação ou eliminação do consumo excessivo de recursos naturais e de insumos.

A preocupação com a gestão ambiental nos centros de pesquisa da Embrapa cresceu nos últimos anos e passou a ser vista como parte do sistema de gestão global da Empresa.

Na Embrapa Pecuária Sudeste, diversos procedimentos voltados ao desenvolvimento e à consolidação da gestão ambiental são praticados, tais como:

•     Educação ambiental - por meio das ações do Embrapa & Escola.
•     Gestão de resíduos laboratoriais.
•     Gestão de campos experimentais.
•     Uso efetivo e gestão integrada de recursos.
•     Gestão de áreas protegidas.
•     Realização de planos de manejo.