A gestão ambiental trata das práticas adotadas para alcançar a sustentabilidade dos sistemas de produção. Na gestão ambiental, as atividades humanas são organizadas para que causem o menor impacto negativo possível ao ambiente, a fim de que a capacidade de suporte biológico (estrutura e funções) seja mantida. Para isso, alguns aspectos devem ser observados:

    Conservação de solo e da água.

    Conservação da vegetação nativa e do ciclo da água. 

    Redução, reutilização, reciclagem ou descarte adequado de resíduos sólidos, líquidos, gasosos ou radiativos.     

    Redução no uso de substâncias tóxicas ou em quantidades nocivas.

    Utilização de práticas de mitigação ou eliminação de causas de mudanças climáticas.

   Atenuação ou eliminação do consumo excessivo de recursos naturais e de insumos.

A preocupação com a gestão ambiental nos centros de pesquisa da Embrapa cresceu nos últimos anos e passou a ser vista como parte do sistema de gestão global da Empresa.

Na Embrapa Pecuária Sudeste, diversos procedimentos voltados ao desenvolvimento e à consolidação da gestão ambiental são praticados, tais como:

    Educação ambiental - por meio das ações do Embrapa & Escola.

    Gestão de resíduos laboratoriais.

    Gestão de campos experimentais.

    Uso efetivo e gestão integrada de recursos.

    Gestão de áreas protegidas.

    Realização de planos de manejo.