Os macroprogramas são mecanismos de organização e indução da carteira de projetos por temas, visando garantir a qualidade técnico-científica e o mérito estratégico da programação.
 

Macroprograma 1

Grandes desafios nacionais:  tem por objetivo a gestão de uma carteira de projetos de base científica elevada, transdisciplinar e multi-institucional, abordando pesquisas de caráter estratégico, que exijam para sua execução, arranjos institucionais complexos ou grandes redes e aplicação intensiva de recursos.
 

Macroprograma 2

Competitividade e Sustentabilidade: tem por objetivo a gestão de uma carteira de projetos de P&D, abordando pesquisas de caráter aplicado, estratégico ou eventualmente básico, de natureza temática ou interdisciplinar, que exijam para sua execução a organização de equipes interativas e redes.
 

Macroprograma 3

Desenvolvimento Tecnológico Incremental: tem por objetivo gerir uma carteira de projetos destinados a apoiar o aperfeiçoamento tecnológico contínuo do agronegócio e atividades correlatas, atendendo suas demandas e necessidades de curto e médio prazos, executados por meio de arranjos simples e pouco intensivos em aplicação de recursos. Prioriza apoio a projetos finalísticos que possibilitem a concretização de impacto da pesquisa realizada equipes da empresa e seus parceiros.
 

Macroprograma 4

Transferência de Tecnologia e Comunicação Empresarial: tem por objetivo a gestão de uma carteira de Projetos de Transferência de Tecnologia e de Comunicação Empresarial, para desenvolver a integração entre a atividade de P&D e o mercado, e para aprimorar o relacionamento da Embrapa com seus públicos de interesse e com a sociedade.
 

Macroprograma 5

Desenvolvimento Institucional: tem por objetivo a gestão de projetos de desenvolvimento institucional que busquem o aumento da efetividade organizacional, o desenvolvimento e a utilização plena do potencial dos talentos humanos da Empresa.
 

Macroprograma 6

Apoio ao Desenvolvimento da Agricultura Familiar e à Sustentabilidade do Meio Rural: tem por objetivo a gestão de uma carteira de projetos voltados para fornecer suporte a iniciativas de desenvolvimento sustentável da agricultura familiar e de comunidades tradicionais, na perspectiva de agregação de valor e, prioritariamente, com abordagem territorial, promovendo a convergência de esforços multi-institucionais e interdisciplinares.