Em 1975, a Embrapa Soja instalou-se junto à Empresa Paranaense de Classificação de Produtos (Claspar), órgão do governo do Estado do Paraná, tendo mudado-se para junto do Instituto Agronômico do Paraná (IAPAR) no mesmo ano. Somente em 1989, a Instituição ganhou sede própria, uma fazenda experimental de 350 hectares, localizada no Distrito de Warta, em Londrina, no Paraná, onde permanece até hoje.
 
Sua fundação em 1975 tinha o propósito de desenvolver tecnologias para produção de soja no Brasil, tornando-se referência mundial em pesquisa para a cultura da soja em regiões tropicais. Até 1970, os plantios comerciais de soja no mundo restringiam-se a regiões de climas temperados e sub-tropicais, cujas latitudes estavam próximas ou superiores aos 30º. Os pesquisadores da Embrapa Soja romperam essa barreira, desenvolvendo variedades adaptadas às condições tropicais com baixas latitudes, permitindo o cultivo da oleaginosa em todo o território brasileiro.
 
Quando a Embrapa Soja foi criada, a produção nacional de soja era de, aproximadamente, 10 milhões de toneladas. Na safra 2012/2013, o Brasil cultivou cerca de 27,7 milhões de hectares com a oleaginosa, produziu aproximadamente 81,5 milhões de toneladas do grão, ocupando a segunda posição entre os grandes produtores mundiais, atrás apenas dos Estados Unidos.
 
Outras tecnologias foram desenvolvidas e adotadas simultaneamente com as novas cultivares, como o manejo dos solos e da sua fertilidade; o manejo adequado da cultura para os diferentes ecossistemas brasileiros; o manejo integrado das pragas e das plantas daninhas; o controle biológico da lagarta-da-soja e do percevejo-verde, as mais importantes pragas da cultura; entre outras.